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1897明治30年6月京都帝国大学設置
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1899明治32年9月医科大学開設、医学科を設置
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1899明治32年12月医科大学附属医院開設
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1899明治32年12月附属医院に看護養成所設置
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1901明治34年10月解剖体祭挙行（以降毎年挙行）
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1903明治36年4月福岡医科大学が設置され、医科大学は京都医科大学と改称
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1911明治44年4月福岡医科大学は本学より分離し、九州帝国大学の分科大学となったため、京都医科大学は医科大学と改称
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1911明治44年10月附属医院に産婆養成所設置
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1919大正8年2月京都帝国大学医科大学は京都帝国大学医学部となる
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1939昭和14年4月医学部に薬学科を設置
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1941昭和16年3月結核研究所が設置される
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1945昭和20年4月附属医院に厚生女学部（看護婦養成施設）を設置
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1945昭和20年9月原子爆弾災害綜合研究調査班を広島に派遣
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1947昭和22年9月京都帝国大学を京都大学と改称
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1949昭和24年5月新制京都大学発足 新制大学は4年制、医学部は6年制となった
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1949昭和24年5月医学部附属医院は、医学部附属病院と改称
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1951昭和26年3月附属病院厚生女学部専攻科は、京都大学看護学校と改称
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1951昭和26年4月新制京都大学医学部発足
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1951昭和26年4月京都大学看護学校は、医学部附属看護学校と改称
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1952昭和27年9月附属看護学校に助産婦科設置
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1954昭和29年4月附属看護学校助産婦科は、医学部附属助産婦学校と改称
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1955昭和30年4月教養部(医学進学課程)を設置し、教養課程2年、専門課程4年の6年制医学部となった
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1955昭和30年7月京都大学大学院医学研究科設置
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1956昭和31年3月ウイルス研究所が設置される
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1959昭和34年3月医学部附属衛生検査技師学校設置
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1960昭和35年4月京都大学薬学部の設置（昭和34年3月）に伴い、薬学科廃止
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1967昭和42年7月医学部で登録医制度に反対するストライキが開始される
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1972昭和47年4月医学部附属衛生検査技師学校、附属臨床検査技師学校と改称
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1975昭和50年4月京都大学医療技術短期大学部設置
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1982昭和57年4月京都大学医療技術短期大学部理学療法学科・作業療法学科設置
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1989平成1年西塚 泰美 神戸大学教授（京都大学医学部卒）がラスカー賞を受賞
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1990平成2年芝蘭会館が竣工
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1995平成7年12月第1回京都大学医学教育ワークショップ（Kyoto University Retreat on Medical Education : KUROME）を開催
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1998平成10年再生医科学研究所が設置される
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1999平成11年9月医学部創立百周年
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2000平成12年4月大学院医学研究科に社会健康医学系専攻（修士課程（2年）・博士後期課程（3年））設置
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2000平成12年4月大学院医学研究科に医科学専攻（修士課程（2年））設置
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2003平成15年4月社会健康医学系専攻（修士課程）は社会健康医学系専攻（専門職学位課程）となった
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2003平成15年7月京都大学大学院医学研究科設置
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2003平成15年10月医学部に保健学科を設置
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2003平成15年11月社会健康医学系専攻に知的財産経営学コースを設置
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2004平成16年医学部創立百周年記念施設として芝蘭会館が竣工（旧芝蘭会館は「芝蘭会館別館」となった）
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2004平成16年4月京都大学は国立大学法人京都大学となった
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2005平成17年4月大学院医学研究科に医科学専攻（博士課程（5年）)設置
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2005平成17年4月社会健康医学系専攻に臨床研究者養成 (MCR) コースを設置
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2005平成17年7月社会健康医学系専攻に遺伝カウンセラー・コーディネータユニットを設置
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2007平成19年4月大学院医学研究科に人間健康科学系専攻（修士課程（2年））を設置
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2007平成19年4月京都大学医学部教育研究支援基金（Kyoto University Medical Student and Researcher Support-Fund：KMS-FUND）を創設
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2008平成20年4月保健学科を人間健康科学科に改称
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2009平成21年4月人間健康科学系専攻に博士後期課程（3年）を設置
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2009平成21年4月医学部医学科にマイコースプログラムを設置
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2010平成22年10月iPS細胞研究所が設置される
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2010平成22年11月学生会館竣工
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2010平成22年12月メディカルイノベーションセンターを設置
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2011平成23年10月内科学講座に腎臓内科学分野を設置
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2011平成23年11月医学研究支援センター（サポートセンター）を設置
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2012平成24年12月山中 伸弥 教授がノーベル生理学・医学賞を受賞
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2014平成26年2月基礎医学記念講堂・医学部資料館（旧解剖学教室講堂）開館
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2015平成27年11月医学部において特色入試を開始
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2016平成28年10月ウイルス研究所と再生医科学研究所を統合し、ウイルス・再生医科学研究所が設置された
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2016平成28年4月医学部医学科にＭＤ研究者育成プログラムを設置
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2017平成29年2月社会健康医学系専攻に臨床統計家育成コースを設置
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2018平成30年4月京都大学・マギル大学ゲノム医学国際連携専攻を設置
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2018平成30年12月本庶 佑 京都大学名誉教授がノーベル生理学・医学賞を受賞
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2019平成31年1月臨床解剖実習室（CAL）を設置
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2019平成31年10月Faculty Development（FD）認定を開始
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2020令和2年2月新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の感染が拡大
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2020令和2年4月大学院医学研究科にがん免疫総合研究センターを設置
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2020令和2年ウイルス・再生医科学研究所は医生物学研究所となった
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2021令和3年4月薬学研究科、生命科学研究科、ウイルス・再生医科学研究所（現医生物学研究所）、高等研究院ヒト生物学高等研究拠点と共同で医学・生命科学研究支援機構（iSAL）を設置
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2022令和4年4月大学院医学研究科に医療DX教育研究センターを設置
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2024令和6年4月大学院医学研究科にヘルスセキュリティセンターを設置
